除了檢警機關的即時庇護、保護令的隔離手段以外，性侵案件的偵查、審理過程中也有其他保護被害人的措施。

一、陪同偵查
一般刑事案件的偵查與開庭過程都是單獨進行，但顧及性侵案件對被害人造成的心理傷害與壓力，性侵害犯罪防治法（簡稱性防法）第15條第1項特別規定被害人的法定代理人、配偶、直系或三親等內的旁系血親、家長家屬、醫師、心理師、輔導人員或社工人員都可以在偵查、審判中陪同在場，並且可以參與討論、陳述意見，作為被害人的支柱，協助被害人渡過偵查與審判過程。

二、取證保密、媒體保密、審理保密
社會的異樣眼光及輿論壓力，對被害人的傷害不亞於性侵行為，性侵害犯罪防治法設立各種保密規定，讓被害人不須在鎂光燈下承受更多傷害。
保密規定包含：
1.診療採證時的保密
在醫療院所的診療過程中，必須有護理人員陪同，並且在保障被害人隱私的環境中進行。

2.審判過程的保密
我國的法庭審理過程原則上是公開進行，任何人都可以參加、旁聽法院中各個審判過程，僅有少數案件是秘密進行。
依照性侵害犯罪防治法第18條，性侵害案件就是例外需要保密的審判案件。除非被害人或法定代理人同意，否則審判法庭的門口將會緊閉，任何人皆不得進入旁聽。

3.新聞、媒體等流言的保密
性侵案件發生時往往招惹新聞媒體湧入大肆報導，不僅侵犯被害人隱私，也造成心理壓力。因此性侵害犯罪防治法第13條規定，除非被害人、檢察官或法院認為有必要公開，任何人都不可以用紙本、廣播電視甚至是網際網路報導、揭露涉及「被害人姓名」或其他「足以辨認被害人身分」的資訊。如有違反，政府可以依照性侵害犯罪防治法第13條之1裁處罰鍰來阻止散布行為。其中，「足以辨認被害人身分」的資訊例如，媒體不能在報導中洩漏被害人就讀的學校名稱與學號，因為這些資訊都能讓人輕易的搜尋到被害人的身分。

三、隔離訊問
上述二、（2）提到的審判過程，讓被害人必須重新面對加害者，但不是每個被害人都有強大的心理素質能夠面對面追究對方責任。因此，性侵害犯罪防治法第16條規定，被害人可以向法官聲請「隔離訊問」，例如在審判的法庭之外進行訊問，或是透過影音進行遠端訊問，藉此與加害者隔離。
法官依照個案情形，也可以主動選擇隔離訊問，不需要等待當事人聲請。

四、加害者禁制措施
不是每個加害者都會主動認錯，許多性侵案件中的加害者會找藉口或說謊狡辯，甚至是透過言語攻擊被害人的方式來嘗試自清。
為了避免法律上的攻防變成對被害人的攻擊，性侵害犯罪防治法第16條允許法官可以禁止加害者以及律師在作證時質問被害人，也禁止加害人利用「性經驗」的相關證據作為法律上攻防的手段。例如，加害人不能在訴訟中說「被害人性關係複雜，生性放蕩，是他勾引我的，我沒有強迫他」來狡辯。
此外，如果加害人或辯護人想要透過性別來羞辱歧視被害人，性侵害犯罪防治法第16條之2更是強制法官不能放任加害者的性別歧視，必須禁止這種行為。